8.1 μs

Mitochondrial Genome Phylogency

This notebook tries to replicate a result from [1] where the autors used the Normalized Compression Distance to calculate pairwaise distaces between the mitochondrial DNA of various animals and then uses these distances to create a phylogenetic tree.

15.8 μs

Note

The results here might be slightly different from the paper as we do not use the exact same string compressors, and the algorithm used to reconstruct the phylogenetic tree might also be slightly different.

30.4 μs

Setup

We load a bunch of packages, this might take a while...

8.1 μs

91.5 s

11.9 s

We start by loading the mitochondiral DNA of 20 different animals from nuccore. Using the efetch function from BioServices.jl this is a very easy thing to do, one has just to know the correct sequence id for each animal.

15.8 μs

mitochondrial_dna_sources

	name	sequence_id
	String	String
1	"rat"	"NC_001665.2"
2	"house mouse"	"NC_005089.1"
3	"gray seal"	"NC_001602.1"
4	"harbor seal"	"NC_001325.1"
5	"cat"	"NC_001700.1"
6	"white rhino"	"NC_001808.1"
7	"horse"	"NC_001640.1"
8	"finback whale"	"NC_001321.1"
9	"blue whale"	"NC_001601.1"
10	"cow"	"NC_006853.1"
more
20	"platypus"	"NC_000891.1"

mitochondrial_dna_sources = DataFrames.DataFrame([
	(name = "rat", sequence_id = "NC_001665.2"),
	(name = "house mouse", sequence_id = "NC_005089.1"),
	(name = "gray seal", sequence_id = "NC_001602.1"),
	(name = "harbor seal", sequence_id = "NC_001325.1"),
	(name = "cat", sequence_id = "NC_001700.1"),
	(name = "white rhino", sequence_id = "NC_001808.1"),
	(name = "horse", sequence_id = "NC_001640.1"),
	(name = "finback whale", sequence_id = "NC_001321.1"),
	(name = "blue whale", sequence_id = "NC_001601.1"),
	(name = "cow", sequence_id = "NC_006853.1"),
	(name = "gibbon", sequence_id = "NC_002082.1"),
	(name = "gorilla", sequence_id = "NC_001645.1"),
	(name = "human", sequence_id = "NC_012920.1"),
	(name = "chimpanzee", sequence_id = "NC_001643.1"),
	(name = "pigmy chimpanzee", sequence_id = "NC_001644.1"),
	(name = "orangutan", sequence_id = "NC_001646.1"),
	(name = "Sumatran orangutan", sequence_id = "NC_002083.1"),
	(name = "opossum", sequence_id = "NC_001610.1"),
	(name = "wallaroo", sequence_id = "NC_001794.1"),
	(name = "platypus", sequence_id = "NC_000891.1"),
])

414 ms

animals

	name	latin_name	DNA
	String	String	String
1	"rat"	"Rattus norvegicus"	"gttaatgtagcttataataaagcaaagcactgaaaatgcttagatggattcaaaaatcccataaacacaaaggtttggtcctggccttataattaattggaggtaagattacacatgcaaacatccataaaccggtgtaaaatcccttaaacatttgcctaaaacttaaggagagggcatcaagcacataatatagctcaagacgccttgcctagccacacccccacgggactcagcagtgataaatattaagcaatgaacgaaagtttgactaagctatacctctcagggttggtaaatttcgtgccagccaccgcggtcatacgattaacccaaactaattattttcggcgtaaaacgtgccaactataaatctcataatagaattaaaatccaacttatatgtgaaaattcattgttaggacctaagcccaataacgaaagtaattctaatcatttatataatgcacgatagctaagacccaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaaccttaataattaaacctacaaaattatttgccagagaactactagctacagcttaaaactcaaaggacttggcggtactttatatccatctagaggagcctgttctataatcgataaaccccgttataccttaccccttctcgctaattcagcctatataccgccatcttcagcaaaccctaaaaaggcactaaagtaagcacaagaacaaacataaaaacgttaggtcaaggtgtagccaatgaagcggaaagaaatgggctacattttcttttcccagagaacattacgaaaccctttatgaaactaaaggacaaaggaggatttagtagtaaattaagaatagagagcttaattgaatagagcaatgaagtacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaaattagattggcattcatatatacataatttcactaacaaatttatgagaggagataagtcgtaacaaggtaagcatactggaaagtgtgcttggaataatcacagtgtagcttaatcacaaagcatctggcctacacccagaagaattcataaaaatgaacactttgaactaatcctagccctacaaccaaccaacataactaaaccccccacataaactaaaacatttaactcaaaaagtattggagaaagaaatttacttaccaggagctatagagaaagtaccgcaagggaatggtgaaagactaatttaaagtaaaaataagcaaagattaaaccttgtaccttttgcataatgaattaactagaaaatccttaacaaaaagaatttaagctaagaaccccgaaaccaaacgagctacctaaaaacaatttcatgaatcaacccgtctatgtagcaaaatagtgggaagatttttaggtagaggtgaaaagcctatcgagcttggtgatagctggttgcccaaaaaagaatttcagttcaactttaagcttaccatcagaacaacaaatcaaaatgtaaacttaaaatatagccaaaagagggacagctctttaggaaaaggaaaaaaccttaaatagtgaataaacaactacaatcacttaaccattgtaggcttaaaagcagccatcaataaagaaagcgttcaagctcaacatacatacttacacacactaattccacaaacctcaataaattcctatatcacaaattgggctaatctatagatccatagatgaaatactgttaatatgagtaacaagaaccaattctcctagcacaagtgtatgacaacccggataaccattgtcaattatcgaatcataggtactaacccaacaataaaattacctatccctaactcgttagcccaacacaggcgtgctttaaggaaagattaaaaaaagtaaaaggaactcggcaaacacgagccccgcctgtttaccaaaaacatcacctctagcataacaagtattagaggcattgcctgcccagtgactaaagttaaacggccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcacttgttccttaattagggactagaatgaatggctaaacgagggttcaactgtctcttactttcaatcagtgaaattgaccttccagtgaagaggctggaatctcccaataagacgagaagaccctatggagcttcaatttactagttcaacttatataaaaacaacctaatgggctaaaacaaaataaatatgaactaaaaaatttcggttggggtgacctcggagaataaaaaatcctccgaatgattttaacctagactcacaagtcaaagtaatactaatatcttattgacccaattattgatcaacggaccaagttaccctagggataacagcgcaatcctatttaagagttcatatcgacaattagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcccaatggtgcagaagctattaatggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagcaatccaggtcggtttctatctatttacaatttctcccagtacgaaaggacaagagaaatggagcctccttaccataagtgctcccaaccaatttatgaaaaaaatctcaataaagtatatatgtacaataaattaaacctagcccaggttattagggtggcagagccaggtaattgcgtaagacttaaaaccttgttcccagaggttcaaatcctctccctaatagtgtactttattaatatcctaacactcctaatcccaatcttaattgccatggccttcctcaccctagtagaacggaaaatcctaggctacatacaactacgcaaaggccccaacatcgtaggcccatatggtattctacaaccatttgcagatgccataaaactattcataaaagaacccatacgccccctaaccacctcaatatcactatttattatcgccccaaccctctcccttacactagctctaagcctatgaatccccttaccaatacctcacccccttatcaacctcaacctaggcatactatttattctagccacatcaagtctttcagtctactccattctatgatcaggatgagcatcaaattcaaaatactccctattcggagccctacgagccgttgcccaaaccatctcttacgaagtcacaatagccattatcctcttatccgtcctcctaataagcggctccttctccctacaaatacttatcactacacaagaacatatctgactattaatccccgcctgaccaatagccataatatgatacatttcaaccctagcagaaacaaatcgagctcccttcgacttaacagaaggagaatcagaattagtctcaggctttaacgtcgaatacgccgcaggaccattcgccctattcttcatagccgagtacaccaatattatcctaataaacgccctaacatcaattgtattcctaggccccttatatcacatcaattaccctgaattatactcaaccagcttcataacagaaacactacttctatccacaactttcctatgaatccgagcatcctacccccgttttcgatatgaccaactaatgcacctcctatgaaaaaatttcctcccactaacactagcattctgcatatgatacatttccctgccaattttcctagcaggaattccaccctacacatagaaatatgtctgacaaaagagttactttgatagagtaaataatagaggtttaaatcctcttatttctaggacaataggaattgaacctacacctaagaattcaaaattctccgtgctaccaatacaccctatcctacatagtaaggtcagctaactaagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtctaaacccttcccgtactaataaacccaatcaccctaatcattatttactttactatcctcatagggcctgtaatcactatatctagctccaacttactcctaatatgagtaggattggaaataagccttttagctatcatcccacttctagccaacaaaaaaagcccacgatcaactgaagcagcaacaaaatattttctaacccaagctacagcctcaataattatcctactagtcatcatcctcaactacaaacaatcaggaatatgaaccctccaacaacaaaccaataacatactactcaacataatactcatttcactagccataaaacttggactagcccccttccactactgactacccgaagtcacccaaggaattcccctacacattggattaatcttactaacatgacaaaaaattgctccactatcaattctataccaattttatcaactcctaaacccaactatcaccaccattctcgcaatttcatcagtctttgttggcgcctgaggaggacttaaccagacccaaacacgaaaaatcatagcatattcatcaattgcccacataggatgaataacagcaatccttccatacaaccctaacttaaccctcctaaacttaacaatttacatcctacttactgttccaatattcatcacactcataacaaactcagcaacaacaatcaacacactctcactcgcatgaaataaaactcccataatcctaaccataacatccatcatcctcctatcactaggaggactcccccctctcacaggatttttaccaaaatgagcaattatctccgagcttctaaaaaacaactgctcaaccctatcaacactaatagctatcatagccctattaagcctattcttctatacacgactaatttactctatatccctcaccatattcccaaccaacaacaactccaaaataatctcccaccaccaccaaaacccaaaacataattttatcctcccaaccctcacagtattaagtacccttaccctaccgctttcctcccaactaatcacatagaagtttaggatatacagtccaagagccttcaaagcccttagaaaacaaacaagtttaacttctgataaggactgtaagactatatcttacatctgttaaatgcaaatcaactgctttaattaagctaaatcctcaactagattggaaggattcaaacctacgaaaatttagttaacagctaaataccctacttactggcttcaatctacttctcccgcctatcagaaaaagaggcgggagaagccttagtagaggagattctctacaccttcgaatttgcaattcgacatgataatcaccttaaggctttttggtaaaaagggggctcaacccctgtctttagatttacagtctaatgcttactcagccattttacctatgctcgtaaaccgttgactcttttcaactaaccacaaagatatcggaaccctctacctattatttggagcctgagcaggaatagtagggacagctttaagtattctaattcgagctgaactaggacagccaggcgcactcctaggagatgaccaaatctataatgtcatcgtcacagcccatgcattcgtaataattttctttatagtaatacctataataattggaggcttcgggaactgacttgtaccactaataattggagcccctgatatagcattcccacgaataaataacataagcttttgactgcttcctccatcatttctactccttttagcatcctccatagtagaagctggagctggaacaggatgaacagtatatccccccttagccggaaacctagcccatgctggagcatccgtagatttaactattttttccctccacctagccggggtgtcttctatcttaggagctatcaactttatcaccactatcattaatataaaaccccctgctataacccaatatcagacacctctctttgtatgatccgtactaattacagccgtcctactacttctctcactgccagtattagcagcaggtatcactatactccttacagaccgaaatctaaatactactttcttcgaccccgctggaggtggagacccaatcctttatcaacacctattctgattcttcggccacccagaagtgtacatcttaattcttccagggtttggaattatttcacatgtagttacctattactctggaaaaaaagaacccttcggatatataggtatggtatgagccataatatctattggcttcctaggatttattgtatgagcacatcacatattcacagtaggcctagatgtagacacccgagcctactttacatctgccactataattatcgcaattcctacaggcgtaaaagtattcagctgactcgctacactacatggaggaaatatcaaatgatcccccgccatattatgagccttagggtttatcttcttattcacagtagggggcctaacagggatcgtactatctaactcatcccttgacattgtacttcatgatacatactatgtagtagctcacttccactatgtcttatctataggagcagtattcgccatcatagctggcttcgtccactgattcccactattctcaggctataccctaaatgacacatgagcaaaagcccactttgccattatatttgtaggtgtaaacataacattctttcctcaacacttcctaggattagcagggatacctcgtcgttactctgattatccagatgcttacaccacatgaaatacagtctcctctataggctcattcatctcacttacggccgtccttgtaatgatcttcatgatttgagaagccttcgcatcaaaacgagaagtactctcaatttcctactcctcaactaacctagaatgactgcatggatgccccccaccctaccacacattcgaagaaccttcctatgtaaaagttaaataagaaaggaaggattcgaaccccctacaactggtttcaagccaatttcataaccattatgtctttctcaatgagatattagtaaaataattacataaccttgtcaaggttaagttatagacttaaatctatatatcttacatggcttacccatttcaacttggcttacaagacgccacatcacctatcatagaagaacttacaaactttcatgaccacaccctaataattgtattcctcatcagctccctagtactttatattatttcactaatactaacaacaaaactaacacacacaagcacaatagacgcccaagaagtagaaacaatttgaacaattctcccagctgtcattcttattctaattgcccttccctccctacgaattctatacataatagacgagattaataacccagttctaacagtaaagactataggacaccaatgatactgaagctatgaatatactgactatgaagacctatgctttgactcctacataatcccaaccaatgacctaaaaccaggtgaacttcgtctattagaagttgataatcgggtagtcttaccaatagaacttccaatccgtatactaatctcatccgaagacgtcctgcactcatgagccgtcccttcactagggttaaaaaccgacgcaatccccggccgcctaaaccaagctacagtgacatcaaaccgaccaggtctattctatggccaatgctctgaaatttgcggctcaaatcacagcttcatacccattgtactagaaatagtccctctaaaatatttcgaaaactgatcagcttctataatttaaactcattgcgaagcttagagcgttaaccttttaagttaaagttagagacaacaaatctccacaatgacatgccacaactagacacatccacatgatttattacaatcatctcctcaatagccacactatttattttatttcaattaaaaatttcttcccaaacctttcctgcacctccctcccccaaaactatagccacagaaaaaacgaataacccttgagaatcaaaatgaacgaaaacctatttgcctctttcattacccccacaataataggtctaccaattgttgtaaccattattatgttcccatcaattctattcccatcatcagaacgcctaatcagcaaccgactacactcatttcaacactgactaatcaaacttatcatcaaacaaataatgttaatccacacaccaaaaggacgaacctgagccctaataattgtatccctaattatatttattggctcaaccaaccttctagggcttcttccccatacatttacccctaccactcagctatctataaacctaagcatagccatccccctatgagcaggagccgtaattctaggcttccgacacaaactaaaaaattctttagcccacttcttaccgcaaggaacccccatctccctaattcccatactaattatcatcgaaactatcagcctatttattcaaccgatagcactagcagtacgactaacagcaaacattacagcaggccatctattaatgcatctaatcggaggagctactctagtacttatagacatcagcccaccaaccgctacaattacatttattattctacttctacttacagtacttgaatttgccgtagccttaattcaagcctatgtattcacccttctagtaagcctgtacctacatgataacacataatgacccaccaaacccatgcataccatatagtaaacccaagcccatgaccactaacaggagccctatcagctcttctacttacatccggcttagtaatatgattccattacaactccacaattctcctatcattaggcctcctgacaaacatcctaactatatatcaatgatgacgagatatcatccgtgaaggaacataccaaggccaccacacccctattgtacaaaaaggcctccgatacggaataatcctgtttattgtctccgaagtattcttctttgccggatttttctgagcattttatcattccagcctagttcctacccacgacctaggcggttgctgacccccaacaggaattacccctttaaatcccctagaagtaccccttctaaatacatcagtcctcttagcatcaggagtctcaattacatgagcccatcacagcctaatagaaggcaaccgaaaccatataaaccaagccctactaatcaccattctcttaggattatatttcactatcttacaagcctcagagtatttcgaaacatcattttctatctcagacggaatttacggctcaacattcttcatagcaacgggatttcatggcctccacgtaattattggctcaactttcctaattgtctgtctactacgacaactaaaattccacttcacatcaaaacatcatttcggatttgaagccgcagcatgatactgacacttcgtagatgtagtttgactattcctatacgtttctatctattgatgaggatcctactcccttagtataaacaatacaactgacttccaatcagttaattctgaaaaaactcagaagagagtaattaacctacttattatcatcacaattaacatcaccttatcttttatcctcatttcaattgcattctgattgcctcaaataaacttatactccgaaaaagcaaacccatatgaatgtggcttcgacccaacaagttctgcacgccttcctttttcaataaaatttttcttagtagccattacatttctactattcgacctagaaatcgccttactactccccctcccatgagcgattcaaacaaccaatactactacaataatagcaactgcctttattctagtcactattttagctcttggcctaagctacgaatgaacacaaaaaggactagaatgaacagaataattggtaattagtttaaataaaattaatgatttcgactcattagattatgataataatcataattaccaacaatgacatctgctttcctaaatttaactatagcctttacattatctctactaggtacttttatatttcgctcccacttaatatctactctcctctgcctagaaggaataatactatcactatttgtcataacttcaacatccacattaaactccaactccataatctccataaccatcccaattaccattctagtttttgcagcctgcgaagcagcagtaggtttagccttactagtaaaaatttcaaatacttacggaacagactacgtacaaaacctcaaccttctacaatgttaaaaattattttcccatctatcatactcctcccactaacatgactctcagccaacaaaaaaatctgaaccaatgtcacctcctacagctttctagtgagcctattaagcttatcactcctatgacaaaatgacgaaaattacctaaatttctcagttatattctcctccgatccattatccaccccactaatcattctaacaacttgactcctcccactaataatgctcgctagccaaaatcacataaaaaaagaaaatataatgcatcaaaaactttacatctcaatacttattagcctccaaattttactcatcataacattctccgcaacagaactaattttattttatatcctgttcgaagccactctaatcccaacactaattatcattacacgatgaggcaaccaaacagaacgcttaaatgcaggaatttatttcctattttatacactaattggctccatcccactcttaattgccctcatttcaatccaaaactcaataggaacactcaacttcctaatcctctccctcacaacacaccccctaccctcaacatgatccaacaccattctatgactagcatgtataatagcatttataatcaaaataccattatacggagtccatctatgattaccaaaagcccacgtagaagctccaattgcaggctctataattttagcagcaattctcctaaagctagggggttatgggataatacgagtttccatcattctagaccccctaacaaaatctttagcctacccattcatcatcctctcattatgaggcataattataactagctcaatctgcctacgccaaacagatctaaaatcattaattgcttactcatcagtaagccatatagccctagtcatcacagccattataatccagacaccatgaagcttcatgggagctacaatactaataatcgcccacggcttaacctcctcactcttattctgcctagcaaacaccaactacgaacgaattcacagccgaactataattatagctcgaggattacaaataatctttccattgatagcaacatgatgactattagcaagcttagccaacctagcactaccacccctaattaacctcataggcgagttattcattgttatagcaacattttcctgatcgaacccctctatcatccttatagcaactaacattgtcatcacaggaatctactcaatatatataattatcacaacccaacgaggaaaactaaccagccacataaacaacctccaaccttcccacacacgagaattaacactcatagctctacacattattcccctcatactattaacaatcaaccctaaactcatcacaggcctaacaatatgtaggtatagtttacaaaaaacattagactgtgaatctaacaacaggaaatcaaattccttatttaccaagaaagtatgcaagaactgctaattcatgcacccatacctaaaacatatggctttcttacttttataggatagaagtaatccattggtcttaggaaccaaaaaccttggtgcaactccaaataaaagtaataaatataataacatcctcaatcctcataatcttgattttacttacaacaccaatcatcatttccataaccaacctaccaaaacttattgactttccgtcatatgctacttcatcaattaaattctcattcctccttagcctcttacctttactactattcttccaccacaacacagaatatataattactaactgacattgactaactattaattctattaaacttactataagtttcaaaattgactatttctcaatcctattcctatcagtagccctattcgtaacatgatcaatcatacaattctcttcatgatatatacactctgatccccacattaaccgattcattaagtacttaataatattcctaattactatactaattctaacctcagctaacaatctattccaactctttattggatgagaaggagtaggaattatatccttcttattaatcggatgatgatatggccgtgcagacgccaacacagcggccctccaagcaatcctctacaaccgagtcggagacattggtttcatcctagctataacctgattctgcctaaacataaactcctgagaactccaacaaattttcttaaccaataccaacaatctagtccctctcacaggactactaattgcagccacaggaaaatccgcccaattcggacttcatccatgactcccatcagctatagaaggcccaactcccgtctctgccctactacactcaagcacaatagttgtggcagggatcttcctaataatccgattccaccccctaacctcaaacaatagtactattataacagccatactatgtcttggtgcaatcaccacattattcacagcaatctgtgctctcacccaaaacgacatcaaaaaaattgtagctttctcaacatccagccaactaggccttataatagtcacattagggattaaccaaccctaccttgctttcctccacatttgcacccatgcattcttcaaagccatattattcatatgctccggatcaatcatccatagcctcaacgatgaacaagacattcgaaaaataggcaatataataaaagcaataccattcacatcatcttgtctcattatcgggagcctagcccttaccggaatacctttcctcacaggattctattcaaaagatctcatcatcgaagccatcaacacgtgtaacaccaacgcctgagccctaataatcactttaatcgccacatccataactgctgtgtacagtatacgcatcatctacttcgtcaccatgacaaaaccacgatactccccactaattactattaatgaaaacaacccaaacctcattaatccaatcaaacgcctagcattaggaagcatcctagcaggcttccttatctcactaaatattcctccaactaacattcaaattctcacaataccctgacatttaaaaataacagccctactcattacaatcctaggatttgccattgccctagaacttaacaatttaacactaaatctatcaataagcaaacccaccaaactatcatcattctcaacctccctaggctactacccaccaattatacaccgaattattcctcaaaaaactctaaattctagctacaaattatccttaaacctactagacctaatctgactagaaaagacaatcccaaaatcaacctcaatcacccaaacccaactatctaaaataatatccaaccaaaaagggctaatcaaactatatttcctatcatttctcatcactatttcactaatttttatcttacacacacttaatcccgagtgatttcaataataataaaaatccccgcaaacaatgaccacccagccaccactatcattcaagtagcacaactataaatagccgcaaccccaatccccccctccaacataaccccaacatcatcaatctcatacattaatcaatcgcctagactatcaaaatcaactaactccaccttattattcaaactaaacaagtagaacactaccaactccataaaaagccctaaaacaaaaaaactaaaaataaaccaattagaccctcaagtctccgggtactcctcagtagccatagcagttgtatacccaaatacaaccaacatcccccccaaataaattaaaaatactattaaacctaaaaacgaacccccaaaccctaaaactattaagcacccaatacatccactaacaatcaatccaagcccaccataaataggtgaaggcttcaacgccaaccctagacaaccagtcaaaaacagtaaacttaaaataaacatataatttgtcattatttctacacagcatttaactgtgactaatgacatgaaaaatcatcgttgtaattcaactatagaaacatctaatgacaaacatccgaaaatctcaccccctattcaaaatcatcaaccactcctttatcgacctccccgccccatctaacatctcatcatgatgaaacttcggttctctactaggagtatgcctcatagtacaaatcctcacaggcttattcctagcaatacactacacgtctgataccataacagcattttcatcagtcacccacatctgccgagacgtaaactacggctgactaatccgatacctacacgccaacggcgcctcaatatttttcatctgcctattcctccatgtgggacgaggactatactatggatcctacactttcctagaaacctgaaacattgggatcattctactatttgcagtcatagcaactgcattcatgggctatgtactcccatgaggacaaatatcattctgaggagctacagtaattacaaacctattatctgctatcccttacattgggactaccctagtcgaatgaatctgaggaggcttctcagtagacaaagcaaccctaacacgcttcttcgcattccacttcatcctcccattcattatcgccgcccttgcaattgtacatcttcttttcctccacgaaacaggatcaaataaccccacaggattaaactccgacgcagacaaaatcccattccatccatattatacaattaaagacctcctaggtgtatttatattactattattcctaataaccctagtactattcttcccagacctactaggagacccagacaattatacacccgctaaccccctcaacaccccaccccacatcaaaccagaatgatattttctctttgcctacgctattctacgctccatt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2	"house mouse"	"Mus 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3	"gray seal"	"Halichoerus grypus"	"actaatgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtatcttttaaatttttaggggggaaagcggtatcactcagctatgaccgtaaaggtctcgacgcagtcaaataacttgtagctggacttaattaatatcatttaccaacatcatacaaccatgaggcgcattttagtcaatggtagcgggacatagttacgttacgtacacgtacacacacgcgcacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacacacgcgcacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacacacgcgcacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacaataagtacatatacgttacgttaaatagatacaaagttagctagaacaaaccccccttaccccccgttaactccaacgagcatacaatgcacctactattgctctgccaaaccccaaaaacagagctagatgcatataacacacaactgaagccagtacatctaaacttagtaaaaccaaccaacctaagtaacagattactaaaacacgggcataatactttaattttgaatctatctatagatgaacgtttttcatctctaatacccccctattgacttattgaccccataccaacagaaacaagccacacgccactggttaatgtagcttaataaaccaaagcaaggcactgaaaatgcctagatgagccataaggctccataaacacaaaggtttggtcctggccttcctattagtttttaataagattatacatgcaagcctccgcgccccggtgaaaatgccctcaaatcccaacaaccgatcaaaaggagcgggtatcaagcacactaaacaagtagcttacaacgccttgctcaaccacacccccacgggatacagcagtaataaaaattaagctatgaacgaaagttcgactaagctatattaaacctccagggttggtaaatttcgtgccagctaccgcggtcatacgattaacccaaactaataggccctcggcgtaaagcgtgttaaagatcaacccacactaaagctaaaacctaaccaagccgtaaaaagctaccgttaacataaaataaactacgaaagtgactttactaactctgacagcacgatagctaagacccaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaacataaataattcacgtaacaaaattattcgccagagaactactagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgcttcacacccctctagaggagcctgttctgtaaccgataaaccccgataaacctcaccactccttgctaatacagtctatataccgccatcttcagcaaacccttaaaaggaacaaaagtaagcacaataatcgctacataaaaaagttaggtcaaggtgtaacctatggagtgggaagaaatgggctacattttctaaataagaacaactatacgaaagtttttatgaaactaacaaactaaaggtggatttagtagtaagctaagaatagagagcttagctgaaccgggccatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaaataaacactacaagctacataaaaccaacacaaaacatatagaggagataagtcgtaacaaggtaagcatactggaaagtgtgcttgggtaaatcaaagtgtagcttaaacaaagcgtctggcttacacccagaagatttcacacccagtgaccactttgaaccaaagctagcccaaataacaaacaactaaactacaaagcaaacatcaaacaaaacatttagtcatacattaaagtataggagatagaaatttttaaccaggagctatagagacagtaccagcaagggaaagatgaaagagaattcaaagtaaaaaatagcaaagattaccccttctaccttttgcataatgaattagctagaacaacttaacaaagagaacttaagctaagccccccgaaaccagacgagctacctgcgaacaatcccctgggatgaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagattcgcaggtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttacccagaatagaatttcagttcaactttaaacttacctaaaacccaagaattttaatgtaagcttaaaatatagtctaaaaaggtacagctttttagatcaaggatacaaccttacttagagagtaaacacaaattagaccatagtaggcctaaaagcagccatcaattaagaaagcgttaaagctcaacaattcaatcaacataataccaaaagaactcaaacaactcctaacgtacatctgggtcaatctattcaattatagttgagacaatgctaatatgagtaacaagaaaccttttctccttgcataaacttataaccgaaatggatatccactgatagttaacaacaagataaaactaaccaaccaattaattatacctatcaaactaattgttaagccaacacaggaatgcaaccaaggaaagattaaaagaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctccagcattactagtattggaggcactgcctgcccagtgacataagttaaacaaccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcatttgttctataaataaggacttgtatgaacggccacacgagggtttaactgtctcttacttccaatcagtgaaattgaccttcccgtgaagaggcgggaatagaataataagacgagaagaccctatggagctttaattaactaactcaacagaacaaatccagtcaaccaacagggaataaaaatttctataatgagttagcaatttaggttggggtgacctcggagaacaaaacaacctccgagtgatataaactaagacaaaccagtcaaagtgccgcatcattaattgatccaaaaatttttttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctattcgagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcctaatggtgcagcagctattaagggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattaaccagttcctcccagtacgaaaggacaagagaaacaaggcccacctcaacacaggcgccttaagactaatagatgatataatcttaatctagccagtctaatcccccatgaatccaagaaacaggacctgttagggtggcagagccggcaattgcataaaacttaaacctttatcttcagaggttcaactcctctccctaacactatgtttataattaatatcatctcactaattatcccaattctcctcgccgtagctttcctaacattagtagaacggaaagtactaggctacatacaactccgaaaaggacccaacatcgtaggaccctatggactcctacaacccatcgcagacgccgtaaaactattcaccaaggaacccctacgaccactaacatcttccacaaccatattcattatagcccctattctagccttaaccttagccctaactatgtgagtccccctgcccataccatatcccctcatcaacataaacctaggagtgttattcatactagcaatatcaagcctagctgtctactcaatcctatgatccggatgggcctcaaactcaaaatacgccctaatcggagccctacgagccgtagcccaaacaatttcatacgaagtgaccctagccattatccttctatcagtcctactaataaacggatccttcaccctatccacactaatcattactcaagaacacttatgactaatctttcccgcatgaccactagccataatatgatttatctccaccctagcagaaaccaaccgcgccccatttgatctcacagaaggagaatcagaacttgtctcaggatttaacgtagaatacgcagcaggcccattcgctatattcttcttagcagaatacgctaacatcatcatgataaacatcttcacaaccctcttattcttcggagcatttcacaacccatacatacctgaactatatgtcgtcaactttaccgtaaaaaccctggcactaacaattctattcctatgaatccgggcatcatacccgcgattccgatacgaccaactaatacatcttctatgaaaaaacttcctaccccttacactagccctatgtatatgacatgtaaccctacccatcatctcagcaagcattccccctcaaacataagaaatatgtctgacaaaagagttactttgatagagtaaataatagaggtttaaaccctcttatttctagaacaataggaatcgaacctaatcctaagaattcaaaaatctccgtgctacccaaatacaccatattctagagtaaggtcagctaaataagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtttattcccttcccgtactaataaaaccccctattctcattatcattatatcaaccgttatatcagggaccataatcgtcctcacgagctcccattggctgctgatctgaattggctttgaaataaacatgctagcgattatcccaatcctgataaaaaaccacaccccacgagctacagaagcatccacaaa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4	"harbor seal"	"Phoca vitulina"	"actaatgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtatcttttaaatttttaggggggaaagcggtatcactcagctatgaccgtaaaggtctcgacgcagtcaaataacttgtagctggacttaattaatatcatttaccaacatcatacaaccatgaggcgcattttagtcaatggtagcgggacatagttacgttacgtacacgtacacacgtacgcacgtacacgtacacacgtacgcacgtacacgtacacacgtacgcacgtacacgtacacacgtacgcacgtacacgtacacacgtacgcacgtacacgtacacacacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacacacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacacgtacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacacgtacacacgtacacgtacacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacataagtacatgtacgttacgttaaatagatacaaagttagctagaacaaaccccccttaccccccgttaactccaacgagtatacaatgcacctactattgctctgccaaaccccaaaaacagagctagatacatataatacacaattgaagccagtacatctaaacttagtataaccaaccaacctaagtaacagactactaaaacacgggcataacactttaattttgaatctatctatagatgaacgtttttcatctctaatacccccctattgacttattaacctcataccaacagaaacaagtcacacgccactggttaatgtagcttaataaaccaaagcaaggcactgaaaatgcctagatgagccacaaggctccataaacacaaaggtttggtcctggccttcctattagtttttaataagattatacatgcaagcctccgcgccccggtgaaaatgccctccaaatcccaataaccgattaaaaggagcaggtatcaagcacactaaacaagtagcttacaacgccttgctcaaccacacccccacgggatacagcagtaataaaaattaagctatgaacgaaagtttgactaagctatattaaacctccagggttggtaaatttcgtgccagccaccgcggtcatacgattaacccaaactaataggccctcggcgtaaagcgtgttaaagatcaacccacactaaagctaaaacctaaccaagccgtaaaaagctaccgttaacataaaatagaccacgaaagtgactttactaattctgactgcacgatagctaagatccaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaacataaataattcacgtaacaaaattattcgccagagaactactagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgcttcacacccctctagaggagcctgttctgtaatcgataaaccccgataaacctcaccattccttgctaatacagtctatataccgccatcttcagcaaacccttaaaaggaacaaaagtaagcacaataatcgctacataaaaaagttaggtcaaggtgtaacctatggaatgggaagaaatgggctacattttctaaataagaacaatcatacgaaagtttttatgaaattaacaaactaaaggtggatttagtagtaagctaagaatagagagcttagctgaaccgggccatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaaataaactctacaagctacataaaaccaacacaaaacatacagaggagataagtcgtaacaaggtaagcatactggaaagtgtgcttggataaaccaaagtgtagcttaaacaaagcgtctggcttacacccagaagatttcacacccaatgaccactttgaactaaagctagcccaaataacaaacaactaaactacaaagcaaacatcaaacaaaacatttagtcatacattaaagtataggagatagaaattttaactggagctatagagacagtaccgcaagggaaagatgaaagagagttcaaagtaaaaaatagcaaagattaccccttctaccttttgcataatgagttagctagaacaacttaacaaagagaacttaagctaagccccccgaaaccagacgagctacctacgaacaatcccctgggatgaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagatttgcaggtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttacccagaatagaatttcagttcaactttaaacttacctaaaaccccaagaattttaatgtaagcttaaaatataatctaaaaaggtacagctttttagatcaaggatacaaccttacttagagagtaaacataaataagaccatagtaggcctaaaagcagccatcaattaagaaagcgttaaagctcaacaatttaatcaacataataccaaaagaactcaaaacaactcctaacgtactactgggtcaatctattcaattatagaagaaacaatgctaatatgagtaacaagaaaccttttctccttgcataaacttataaccgaaacggatatccactgatagttaacaacaagataaaattaactaaccaattaatacacctatcaaactaattgttaagccaacacaggaatgcagccaaggaaagattaaaagaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctccagcattactagtattggaggcactgcctgcccagtgacgtaagttaaacggccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcatttgttctataaataaggacttgtatgaacggccacacgagggtttaactgtctcttacttccaatcagtgaaattgaccttcccgtgaagaggcgggaataaaataataagacgagaagaccctatggagctttaattaactaactcaacagagcaaatccagtcaaccaacagggaataaaaacttctacaatgagttagcaatttaggttggggtgacctcggagaacaaaacaacctccgagtgatataaactaagacaaaccagtcaaagtgccacatcactaattgatccaaaaatttttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctgtttgagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcctaatggtgcagcagctattaagggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattaaccagttcctcccagtacgaaaggacaagagaaacaaggcccacctcaacacaggcgccttaagactaatagatgatataatctcaatctaaccagtctaatcccccatgagtccaagaaacaggacttgttagggtggcagagccggcaattgcataaaacttaaacctttatcttcagaggttcaactcctctccctaacactatgtttataattaatatcatctcactaattatcccaattctcctcgccgtagctttcctaacattagtagaacggaaagtactaggctacatacaactccgaaaaggacccaacatcgtaggaccctacggactcctacaacccatcgcagacgccgtaaaactattcaccaaagagcccctacgaccactaacatcttccacaaccatattcattatggcccctattctagccttagccctagccctaactatatgagtccccctgcccataccataccccctcatcaacataaacctaggagtgttattcatactagcaatatcaagcctagctgtctactcaatcttatgatccggatgggcctcaaactcaaaatacgccctaatcggagccttacgagccgtagcccaaacaatctcatacgaagtaaccctagccattatccttctatcagtcttactaataaacggatccttcaccctatccacactaatcattactcaagaacacttgtgactaatcttccccgcgtgaccactagccataatatgatttatctccaccctagcagaaaccaaccgtgccccatttgacctcacagaaggagaatcagaacttgtttcaggattcaacgtagaatacgcagcaggcccattcgctatgttcttcttagcagaatacgctaacatcatcataataaacatcttcacaaccctcttattcttcggagcatttcacaacccatatatacctgaactatatgttatcaactttaccgtaaaaaccctggcactgacaattctattcctatggatccgggcatcatacccacgattccgatacgaccaactaatacatcttctatgaaaaaacttcctaccccttacactagccctatgtatatgacatgtaaccctacccatcacctcagcaagcattccccctcaaacataagaaatatgtctgacaaaagagttactttgatagagtaaataatagaggttaaaaccctcttatttctagaacaataggaatcgaacctaatcctaagaattcaaaaatctccgtgctacccaaatacaccatattctaaagtaaggtcagctaaataagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtttatccccttcccgtactaataaaaccccctattctcatcatcattatatcaaccgttatatcagggaccataatcgtcctcacgagctcccattggctactgacctgaattggctttgaaataaacatactagcgattatcccaatcctgataaaaaaccata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6	"white rhino"	"Ceratotherium simum"	"gttaatgtagcttaacaactaaagcagggcattgaaaatgcccagatgagcccaccagctccataaacacaaaggtttggtcctggcctttctattgattgttagtaaaattacacatgcaagcatccgcgccctagtgaaaatgccctctaaatcacccctaacgattaaaaggagcaggtatcaagcacactaaaacagtagctcacaacaccttgctcaaccacgcccccacgggagacagcagtgataaaaattaagcaataaacgaaagtttgactaagttatactaaacagagttggtaaatttcgtgccagccaccgcggccatacgattaacccaaattaatagaacttcggcgtaaagcgtgtcaaagatacgaccacaaataaagttaaaacccaattgagctgtaaaaagctacaaccaaaataaaatagactacgaaagtgactttaatacaaccgcccacacgacagctaggacccaaactgggattagataccccactatgcctagccttaaacctaaataatttctccaacaaaattattcgccagagtactactagcaacagcctaaaactcaaaggacttggcggtgctttatatccccctagaggagcctgttccataaccgataaaccccgataaaccccaccaacccttgctaattcagcctatataccgccatcttcagcaaaccctaaaaaggaactaaagtaagcacaagtataaaacataaaaacgttaggtcaaggtgtagcttatgggatggagagaaatgggctacattttctattttaagaacaacaattacccaaacgaaggtttttatgaaaccaaaaactaaaggaggatttagcagtaaattaagaatagagagcttaattgaaccaggccataaagcacgcacacaccgcccgtcaccctccttaaataccccgagccacaacacaacatattaactacgcattacacgtataaaaggagacaagtcgtaacaaggtaagcgtactggaaagtgcgcttggacaatcaaagtgtagcttaaacaaagcacctagcttacacccaggagatttcatacaaaatgaccactttgaactaaagctagcccaaataaccccgacccaactactaaaaactcacttgaacaaagcatttacccaaatccattaaagtataggagatagaaatttttaactggcgctatagagaaagtaccgcaagggaacgatgaaagaagtcttaaaagtactaaacagcaaagcttaccccttttaccttttgcataatgatttaactagaacaattttagcaaagagaacttaagttaaaccccccgaaaccagacgagctacctacgaacagtcccaaaacgaacgaactcatctatgtcgcaaaatagtgagaagatttataggtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttgtccaaaacagaatgtaagttcaaatctaaatttacctaaaagccctacaacttcaatgtaaatttaaattatagtctaaaaaggtacagctctttagacacaggatacaaccttcattagagagtaagatctaagccacacatagttggcctaaaagcagccaccaattaagaaagcgttcaagctcaacagcacagccaccttaatttcagcaacaaccaatcaactcctaatttaatattggactaatctatcaacaaatagaagcaataatgttaatatgagtaacaagaaccatttctccttgcataagcctatatcagaacgaatgaccactgatagttaacaacaaaataaacacaacctaacaataaactacctattaaaccaactgttaacccaacacaggcatgcactttaaaggaaagattaaaaaaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctctagcatatctagtattagaggcactgcctgcccagtgacatatatttcaacggccgcggtatcctaaccgtgcaaaggtagcgtaatcacttgttccctaaatagggacctgtatgaatggccacacgagggttttactgtctcttactttcaatcagtgaaattgaccttcccgtgaagaggcgggaatagcacaataagacgagaagaccctatggagctttaattaactaattcacaaaaaataaaatctctaacccacatccaggggataacaaaactttgactgaattagtaatttcggttggggtgacctcggagaacaagccaacctccgagtgattaaattccagacttaccagtcaaaaatattacatcacttattgatccaaaccattgatcaacggaataagttaccctagggataacagcgcaatcctattctagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcccaatggtgcaaccgctattaatggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattcaatatttctcctagtacgaaaggaaaagagaaataaggcccacttcacaaaagcgccttcaaatcaatagatgatataatctaaatctaattaatttatacacaacattgccctagaccagggccacgttaggatggcagagccggaaattgcataaaacttaaacctttataatcagaggttcaactcctcttcctaacaacatgttcacaattaatattctcctcctagtcatcccaatcctactcgccgtagcattcctcacactagttgaacgaaaagtgctaggttacatacaactacgaaaaggaccaaacattgtaggcccctatggcctactccaaccaattgccgacgcaatcaaattattcaccaaagaaccactacagccatcaacatcatcaacaaccatattcatcatcgccccgattttagctctaaccctagccctaacaatatgaatcccattacccataccacaccctctaatcaacataaacctaggagtcctattcatacttgccatgtcgagcctagccgtctactccatcctatgatcagggtgggcttcaaactcaaaatacgcactaattggagccctacgagcagtagcccaaacaatctcatatgaagtaactttagcaattatccttctctccgtattactaataaacggatcattcacactatctacactaatcaccacccaagaacacctatgactaattttcccatcatgaccactagctataatatgatttatctcaacactagcagaaaccaaccgagctcccttcgacctggcagagggagaatcagaattagtatctggcttcaatgtcgaatacgcagccggcccattcgccctgttctttatagcagagtacgcaaacatcatcataataaacgccttcactaccatcctctttctaggagcttttcacaacccccacataccagaactatacacaatcaatttcaccactaaaaccctactattaaccacatcctttctatgaatccgagcatcctacccacgattccgatacgatcaactcatacacctcctatgaaaaaatttcctacccctcactctagcactatgcatatgacacgtatcactaccaatcacaacatcaagcatccccccacaaacataagaaatatgtctgataaaagagttactttgatagagtaaataatagaggttcaagccctcttatttctagaattataggaattgaacctactcctaagaactcaaaaatcttcgtgctaccaaactacaccacattctataagtaaggtcagctaaacaagctatcgggcccataccccgaaaatgttggattatacccttcccgtactaataaacccaattgttttctcaactatcctaacgaccgctattataggaactataatcgtaataacaagctcacactgattgataatttgaattggcttcgaaataaacctattagccattatccccatcctaataaaaaaattcaacccacgagccatagaagcagcaaccaaatatttcctaacacaagccaccgcatcaatactcctcataatagcaattatcatcaaccttatattctcaagccaatggacaatcacaaaaatctttaacccaacagcatccatcattataacatcggccctcatcataaaactcggactttccccattccacttctgagtacccgaagttacccaaggcattccactagtatcaggcctaattctgctcacatgacaaaaactagcaccaatatcagtcctataccaaatcgcaccctccattaacctagacatactaataacctcagccctcttatccatcctagtaggtggatgaggaggcctcaaccaaactcaactacgaaaaatcatagcatactcatcaatcgcccacataggatgaataacagctattttaacatataaccctacaataacagcactcaacatactaatctacatcataatgacgctcaccacattcatattatttatactcaactcctcaaccacaacactatcactttcccacacatgaaacaaaacacccctaatcacctcgctcatcttaatcaccatactatcactaggaggcctcccaccactatccggatttatccccaaatgaataattattcaagagctaacaaaaaacgacagcatcatcctaccaacatccatagccattatagccctactcaacctatacttctatatacgcctaacctactccacctcactaacaatattcccatcaacaaacaacataaaaataaaatgacaatttgaaaacccaaaacgaataaactttctacctacactaattatcatgtcaaccctactcctcccactaacaccaatcatatctactctaaactaggaatttaggttacaccagacca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7	"horse"	"Equus caballus"	"gttaatgtagcttaataatataaagcaaggcactgaaaatgcctagatgagtattcttactccataaacacataggcttggtcctagcctttttattagttattaatagaattacacatgcaagtatccgcaccccagtgagaatgccctctaaatcacgtctctacgattaaaaggagcaggtatcaagcacactagaaagtagctcataacaccttgctcagccacacccccacgggacacagcagtgataaaaattaagctatgaacgaaagttcgactaagtcatattaaataagggttggtaaatttcgtgccagccaccgcggtcatacgattaacccaaattaataaatctccggcgtaaagcgtgtcaaagactaataccaaaataaagttaaaacccagttaagccgtaaaaagctacaaccaaagtaaaatagactacgaaagtgactttaatacctctgactacacgatagctaagacccaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaactaaaatagcttaccacaacaaagctattcgccagagtactactagcaacagcctaaaactcaaaggacttggcggtgctttacatccctctagaggagcctgttccataatcgataaaccccgataaaccccaccatcccttgctaattcagcctatataccgccatcttcagcaaaccctaaacaaggtaccgaagtaagcacaaatatccaacataaaaacgttaggtcaaggtgtagcccatgggatggagagaaatgggctacattttctaccctaagaacaagaactttaacccggacgaaagtctccatgaaactggagactaaaggaggatttagcagtaaattaagaatagagagcttaattgaatcaggccatgaagcgcgcacacaccgcccgtcaccctccttaaatatcacaaatcataacataacataaaaccgtgacccaaacatatgaaaggagacaagtcgtaacaaggtaagtataccggaaggtgtacttggataaccaaagtgtagcttaaacaaagcatccagcttacacctagaagatttcactcaaaatgaacactttgaactaaagctagcccaaacaatacctaattcaattacccttagtcacttaactaaaacattcaccaaaccattaaagtataggagatagaaattttaacttggcgctatagagaaagtaccgtaagggaacgatgaaagatgcattaaaagtactaaacagcaaagcttaccccttttaccttttgcataatgatttaactagaataaacttagcaaagagaacttaagctaagcaccccgaaaccagacgagctacctatgaacagttacaaatgaaccaactcatctatgtcgcaaaatagtgagaagattcgtaggtagaggtgaaaagcccaacgagcctggtgatagctggttgtccagaaacagaatttcagttcaaatttaaatttacctaaaaactactcaattctaatgtaaatttaaattatagtctaaaaaggtacagctttttagatacaggttacaaccttcattagagagtaagaacaagataaacccatagttggcttaaaagcagccatcaattaagaaagcgttcaagctcaacgacacatctatcttaatcccaacaatcaacccaaactaactcctaatctcatactggactattctatcaacacatagaagcaataatgttaatatgagtaacaagaattatttctccttgcataagcttatatcagaacgaatactcactgatagttaacaacaagatagggataatccaaaaactaatcatctatttaaaccattgttaacccaacacaggcatgcatctataaggaaagattaaaagaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctctagcatttccagtattagaggcactgcctgcccagtgacatctgtttaaacggccgcggtatcctaaccgtgcaaaggtagcataatcacttgttccctaaatagggacttgtatgaatggccacacgagggttttactgtctcttacttccaatcagtgaaattgaccttcccgtgaagaggcgggaatgactaaataagacgagaagaccctatggagctttaattaactgattcacaaaaaacaacacacaaaccttaaccttcagggacaacaaaacttttgattgaatcagcaatttcggttggggtgacctcggagaacaaaacaacctccgagtgatttaaatccagactaaccagtcaaaatatataatcacttattgatccaaaccattgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctattccagagtccatatcgacaattagggtttacgacctcgatgttggatcaagacatcctaatggtgcaaccgctattaagggttcgtttgttcaacgattaaagtcttacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattctatacttttcccagtacgaaaggacaagaaaagtagggcccactttacaagaagcgccctcaaactaatagatgacataatctaaatctaactaatttataacttctaccgccctagaacagggctcgttagggtggcagagcccggaaattgcataaaacttaaacctttacactcagaggttcaactcctctccctaacaacatgttcataattaacgtcctcctcctaattgtcccaatcttgctcgccgtagcattcctcacactagttgaacgaaaagtcttaggctatatgcaacttcgcaaaggacccaacatcgtaggcccctatggcctactacaacctattgccgatgccctcaaactatttatcaaagagccactacaaccactaacatcatcgacatccatattcatcatcgcaccaatcctagccctaaccctggccttaaccatatgaatccctctgcccataccatacccactaatcaacataaacctaggaattctattcatactagccatgtccagcctagctgtctactcaatcctttgatcaggatgggcctcaaactcaaaatacgccctaattggagctctacgagcagtagcacaaaccatctcatacgaagtaactctagcaatcatcctactctcagtcctcctaataagcggatcattcacattatcaacacttattattacccaagaatacctctgattaatcttcccatcatgacccttagccataatgtgattcatctcaacattagccgaaaccaaccgagctccatttgacctaacagaaggagaatcagaactcgtctctggattcaacgttgaatacgcagccggcccatttgctctattcttcctagcagaatacgcaaacatcatcatgataaacatcttcacaacaaccctatttctaggagcatttcacaacccctacctgccagaactctactcaattaatttcaccattaaagctctccttctaacatgttccttcctatgaatccgagcatcctacccacgattccgatatgaccaacttatacacctcctatgaaagaacttcctaccactcacactagccctctgcatatgacacgtctcacttccaatcatactatccagcatcccaccacaaacataggaaatatgtctgacaaaagagttactttgatagagtaaaacatagaggctcaaaccctcttatttctagaactacaggaattgaacctgctcctgagaattcaaaatcctccgtgctaccgaattacaccatgtcctacaagtaaggtcagctaaataagctatcgggcccataccccgaaaatgttggattacacccttcccgtactaataaatccccttatcttcacaactattctaataacagttcttctaggaactataatcgttataataagctcacactgactaataatctgaatcggatttgaaataaatctactagccattatccctatcctaataaaaaagtacaatccccgaaccatagaagcctccaccaaatattttctaacccaagccaccgcatcaatactcctcataatagcgatcatcattaacctcatacactcaggccaatgaacaatcacaaaagtcttcaaccccacagcgtccatcattataacttcagctctcgccataaaacttggactcacaccattccacttctgagtacccgaagtcacacagggcatctcattaacatcaggtctcatcctacttacatgacaaaaactagccccaatatcaatcctatatcaaatctcaccctcaattaacctaaatatcttattaactatagccgtactgtcaatcctagtaggaggctgaggcggtctcaaccaaacccaactacgaaaaatcatagcatactcgtcaatcgcgcatataggatgaataacagctgtcctagtatataacccaacactaacaatactaaacatattaatttacattataataacactcacaatattcatactatttatccacagctcctctactacaacactatcactctcccacacatgaaacaaaatacctctaaccactacactaatcttaattaccttactatccataggaggcctccccccactatcaggattcatacccaaatgaataatcattcaagagctcaccaaaaatagcagcatcatcctccccacactaatagccattatagcactactcaacctctacttctacatacgactaacctattccacctcactgaccatattcccatccacaaacaacataaaaataaaatgacaattcgaaaccaaacgaattactctcttacccccgttaattgttatatcctccctactcctccccctaacccccatactatcaattttggactaggaatttaggtta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8	"finback whale"	"Balaenoptera physalus"	"gttaattactaatcagcccatgatcataacataactgaggtttcatacatttggtatttttttattttttttggggggcttgcacggactcccctatgaccctaaagggtctcgtcgcagtcagataaattgtagctgggcctggatgtatttgttatttgactagcacaaccaacatgtgcagttaaattaatggttacaggacatagtactccactattccccccgggctcaaaaaactgtatgtcttagaggaccaaacccccctccttccatacaatactaaccctctgcttagatattcaccacccccctagacaggctcgtccctagatttaaaagccattttatttataaatcaatactaaatctgacacaagcccaataatgaaaatacatgaacgccatccctatccaatacgttgatgtagcttaaacacttacaaagcaagacactgaaaatgtctagatgggtctagccaaccccattgacattaaaggtttggtcccagcctttctattagttcttaacagacttacacatgcaagtatccacatcccagtgagaacgccctctaaatcataaagattaaaaggagcgggtatcaagcacgctagcactagcagctcacaacgcctcgcttagccacgcccccacgggacacagcagtgataaaaattaagctataaacgaaagttcgactaagtcatgttaatttaagggttggtaaacttcgtgccagccaccgcggtcatacgatcgacccaaattaatagaagcacggcgtaaagagtgttaaggagccacatgaaataaagtcaaaccttaattaagctgtaaaaagccctaattaaaattaagccaaactacgaaagtgactttaatataatctgatcacacgacagctaagatccaaactgggattagataccccactatgcttagtcgtaaaccccaatagtcacaaaacaagactattcgccagagtactactagcaacagcctaaaactcaaaggacttggcggtgcctcatacccatctagaggagcctgttctgtaaccgataaaccccgatcaacctcaccaacccttgctacttcagtctatataccgccatcttcagcaaaccctaaagggagaaaagtaagcataaccatcctacataaaaacgttaggtcaaggtgtaacccatgggttgggaagtaatgggctacattttctaagctaagaacatcccctatactcacacgaaagtttttatgaaacttaaaaactaaaggaggatttagtagtaaatcaagagcagagtgcttgattgaataaggccatgagggcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaagtaccccagctataaaccccagttcgttaactcaggccaagcaattatacgagaggagacaagtcgtaacaaggtaagcataccggaaggtgtgcttggacaaaacaagatatagcttaaacaaagcatgtagtttacacctagaagattccacagcccgtgtatatcttgaactagccctagcccacaccctccccacctctactaccacaaatcaatcaaataaaacatttaccatcccttcaaagtataggagatagaaatttaaatatcagtggcgctatagagatagtaccgtaaggaaagatgaaagaaaaacctaaaagtaataaaaagcaaagcttaccacttgtaccttttgcataatgacttaactagtaataaattagcaaagagaccttaagttaaattacccgaaaccagacgagctacttatgagcagcacctagaacgaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagacttataagtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttgtccctgaaaagaatctcagttcaacattaaataatactaaaagcccatgccaagccttaacgtatatttaactgttaatctaaaaaggtacagctttttagaaatgggtacaaccttgactagagagtaaaatcaaacataaacatagttggcctaaaagcagccatcaattaagaaagcgttcaagctcgacaacaaaataatgttttaattccaacattaagtaaatcaactcctagcctgactattggactaatctatacaaatatagaagcaatactgttaatatgagtaacaagaaatttttctcctagcacaagcttacaccagtaactgataatatactgataattaacagcaaataaataaaacccaacactaaattatttattaaaatactgttaacccaacacaggcgtgcattaaggaaagattaaaaaaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctctagcataaccagtattagagcactgcctgcccggtgactaatcgttaaacggccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcacttgttctctaattagggacttgtatgaatggccacacgagggttttactgtctcttacttttaatcagtgaaattgacctctccgtgaagaggcggagataacaaaataagacgagaagaccctatggagcttcaattaatcaacccaaaaaccataaccttaaaccaccaagggataacaaaaccttatatgggctgacaatttcggttggggtgacctcggagtacaaaaaaccctccgagtgattaaaacttaggcccactagccaaagtacaatatcacttattgatccaatcctttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctattctagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcctaatggtgcagctgctattaagggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattacgcatttctcccagtacgaaaggacaagagaaataaggccaacttcaaacaagcgccttcaaacaattaatgacctagtctcaacttaataattaagcgcaaacaaacctgcccaagaccagggccttgttgaggtggcagagttcggtaattgcataaaacttaaacttttacacccagaggttcaaatcctctccccaacaaaatgtttataattaacattctaacactcattctccccatcctcctagccgtagcattcctaacgctagtagaacgcaaaattctaggctatatgcagttccgaaaggggccaaacatcgtaggcccacatggcttactccaaccctttgccgatgcaattaaattattcactaaagaacccctacggccagctacatcctcaactactatgtttatcattgcaccagtactagccctaaccctggccctcactatatgaagccccctacccataccataccccctcattaacataaacctaggagtattattcatattagcaatatccagcctagccgtctactccatcctatgatcaggctgagcctccaactcaaaatacgcactaattggagccctacgagcagtagcacaaacaatctcatatgaggtaacactagccattatcctcctatcagtactcctaataaacggctcctacaccttatcaacattagccacaacacaagaacaactatgattactattcccatcatgacccttagccataatgtgattcatctccaccctagcagaaactaatcgagctccttttgatctaacagagggagaatcagaactcgtatcaggcttcaacgtagaatatgcagcaggccctttcgccctattcttcctggcagaatacgccaacatcattataatgaatatactcacagccattttattcctaggaacattccacaaccctcataacccagaattgtacacagcaaaccttattatcaagacactactactcacaatatccttcctatgaattcgagcatcctacccccgattccgatatgaccaactaatacacctactctgaaaaaatttccttcccttaacactagccctttgcatatgacatatctcattaccaatcataactgcaagtatcccccctcaaacataagaaatatgtctgataaaagagttactttgatagagtaaataatagaggcccaaatcctcttatttctagaataataggaatcgaacctacccttaagaattcaaagttcttcgtgctaccatattacactacaatctacagtaaggtcagctaaacaagctatcgggcccataccccgaaaatgttggttcatatccttcccatactaataaacccattaatccttattatcctcctgacaacccttatcctaggtacaataatggtagtcaccagctctcactgactattagcctgaattggcttcgaaatgaacataatagccttcatccctatcataataaaaaatcctactccccgggccacagaagcttctaccaagtacctcctaacacaagccactgcttccgcactcctcataatagcagtcatcattaacttaatgcactcaggccaatgaactattacaaaactatttaacccaacagcatccacactcataacagtagccctagccatcaaactgggattagcccccttccacttttgagttccagaagtaacacaaggtatccccctaaccacaggcctaatcctattaacatgacaaaaactagctcccttatcaatcctataccaaatttcaccatcaattaacctacacctaatattaatcatatccttactttccatcttaataggaggctgaggtggactaaaccaaacacaacttcgaaaaatcatagcctactcatcaattgcccacataggatgaataacggccattctactatataatccaaccctaacattactaaatctactaatctacatcacaataac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9	"blue whale"	"Balaenoptera musculus"	"gttaattactaatcagcccatgatcataacataactgaggtttcatacatttggtatttttttattttttttggggggcttgcacggactcccctatgaccctaaagggtctcgtcgcagtcagataaattgtagctgggcctggatgtatttgttatttgactagcacaaccaacatgtgcaattaaattaatggttacaggacatagtactccactattccccccggggtcaaaaacctgtatcttttagaggatcaaacccccctccctccatacaatactaaccctttgcttagatattcaccacccccctagacaggctcctccctagatctaaaagccattttattaataaatcaatactaaatctgacacaagcccaataatgaaaatacatgaacgccattcctatccaatacgttaatgtagcttaagcactcataaagcaagacactgaaaatgtctagatgggttaaattaaccccattggcattaaaggtttggtcccagcctttctattagttcttaacaaacttacacatgcaagcgtctacatcccggtgagaatgccctctaaatcacaaagatcaaaaggagcaggtatcaagcacgctagtactagcagctcacaacgcctcgcttagccacacccccacgggacacagcagtgataaaaattaagctataaacgaaagtttgactaagttatgttaataagggttggtaaacttcgtgccagccaccgcggtcatacgattaacccaaattaatagaaacacggcgtaaagagtgttaaggagtctcatagaataaagtcaaaccttaattaagctgtaaaaagccataattaaaattaagccaaactacgaaagtgactttaatatgatctgatcacacgacagctaagatccaaactgggattagataccccactatgcttagccataaaccccagtagtcacaaaacaagactattcgccagagtactactagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgcttcatacccctctagaggagcctgttctgtaaccgataaaccccgattaacctcaccaacccttgctacttcagtctatataccgccatcttcagcaaaccctaaaagggaacgaaagtaagcataatcatcctacataaaaacgttaggtcaaggtgtaaccaatgggttgggaagaaatgggctacattttctaaactaagaatatccctatacacacgaaagtttttatgaaacttaaaaaccaaaggaggatttagtagtaaatcaagagcagagtgcttgattgaataaggccatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaagtaccccagctaaagccacagttcattaactcaggccaagcaacttatacgagaggagacaagtcgtaacaaggtaagcataccggaaggtgtgcttggacaaaacaagatatagcttaaacaaagcatctagtttacacctagaagattccacagcccgtgcatatcttgaaccagctctagcccacccccaccccccttttactaccatagaccaatcaaataaaacattcaccaaccttctaaagtataggagatagaaatttaaacatcagtggcgctatagaaatagtaccgtaagggaaagatgaaagaaaaacccaaaagtaataaaaagcaaagcttaccccttgtaccttttgcataatgacttaactagtaataacttagcaaagagaccttaagttaaactacccgaaaccagacgagctacttatgagcagtacctaggacgaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagacttataagtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttgtccatgaaaagaatctcagttcaacattaaatgatactaaaagccatgccaagccttgacgtacatttaactgttagtctaaaaaggtacagctttttagatatgggtacaaccttcactagagagtaaaaccaaacatacaccatagttggcctaaaagcagccatcaattaagaaagcgttcaagctcgacaataaaacaatgttttaattccaacattagacaaatcaactcctagcatgattattggactaatctatataaacatagaagcaacactgttaatatgagtaacaagaaatttttctcctagcacgagcttatattagtaactgataatatactaataattaacagcaaataaataaaatctaacactagactatttattaagacactgttaacccaacacaggagtgcattaaggaaagattaaaaaaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctctagcataaccaatattagagcactgcctgcccggtgactaatcgttaaacggccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcacttgttctctaattaaggacttgtatgaacggccacacgagggttttactgtctcttacttttaatcagtgaaattgacctccccgtgaagaggcggggataacaaaataagacgagaagaccctatggagcttcaattaatcaacccaaaaatcacaaccttaaaccaccaagggataacaaaattttatatgggctgacaatttcggttggggtgacctcggagcacaaaaaatcctccgagtgattaaaacttaggctcactagccaaagtgtaatatcacttattgatccaatctcttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctattctagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcctaatggtgcagccactattaagggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattacgcatttctcctagtacgaaaggacaagagaaataaggccaacttcaaacaagcgccttcaaataattaatgacctagtctcaacttaataaccaagcgcaaacaagtatgcccaagaccagggccctgttgaggtggcagagttcggtaattgcataaaacttaaacctttacactcagaggttcaaatcctctccccaacaaaatgtttataattaacattctaacactcattcttcctatcctcttagccgtagcattcctaacgctagtagaacgcaaaattctaggttacatgcaattccgaaaaggaccaaacatcgtaggcccacatggcttgctccaaccctttgccgatgcaattaaactattcactaaggaacccctacgaccagctacatcctccactaccatattcattattgcaccagtactagccctagccctagccctcaccatatgaagccccctacccataccataccccctcatcaacataaacctaggagtactattcatactagcaatatccagcctagccgtctactccatcctatgatccggctgagcctctaactcaaaatatgcactaatcggggccctacgagcagtagcacaaacaatttcatatgaagtaacactagctatcatcctcctatcagtactcctaataaatggctcctacaccctatcaacactagccacaacacaagaacaactatgactactattcccatcatgacccttagccataatatgatttatctccactctagcagaaaccaatcgagctcctttcgacctaacagaaggagaatcagaacttgtatcaggcttcaacgtagaatacgcagcaggccctttcgccctatttttcctagcagaatatgccaacatcattataataaacatatttacagctattctattcctaggaacattccacaacccctgcaacccagaattatacacaacaaatcttatcatcaaaacactactactcacaatgtccttcctatgaattcgagcatcctatcctcgattccgatatgaccaactaatacatctactttgaaaaaacttccttcccctaacactagccctttgcatatgacatatctcactaccaattataactgcaagtatcccccctcaaacataagaaatatgtctgataaaagagttactttgatagagtaaataatagaggcctaaatcctcttatttctagaataataggaatcgaacctacccttaagaattcaaagttcttcgtgctaccatattacactacaatctatagtaaggtcagctaaacaagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtttatatccttcccatactaataaacccatccatctttattatcctcctgacaacccttatcttaggtacaataatagtaatcaccagctcccactgattattagcctgaatcggcttcgaaataaacatgatagccttcatccctatcataataaaaaaccctagcccccgagccacggaagcttctaccaagtacctcctaacacaagccaccgcttccgcactactcataatggcagttattattaacctaatatactccggccaatgaaccatcacaaaattatttaacccaacagcatccacactcataacagtagccctagccatcaaattaggactagcccccttccacttctgagtcccagaagtaacacaaggaattcccctaaccacaggcctaattctattaacatgacaaaaactagcacccctatcaattctataccaaatttcaccatcaattaacctatatctaatactaaccatatccctactctccatcctagttggaggctgaggcggactaaaccaaacacaacttcgaaaaatcatggcctactcatcaatcgcccacataggatgaataacaactattctaccatataatccaaccctaacactactaaatctactaatttatatcacaatgacttt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10	"cow"	"Bos taurus"	"actaatggctaatcagcccatgctcacacataactgtgctgtcatacatttggtatttttttattttgggggatgcttggactcagctatggccgtcaaaggccctgacccggagcatctattgtagctggacttaactgcatcttgagcaccagcataatgataagcatggacattacagtcaatggtcacaggacataaattatattatatatccccccttcataaaaatttcccccttaaatatctaccaccacttttaacagacttttccctagatacttatttaaatttttcacgctttcaatactcaatttagcactccaaacaaagtcaatatataaacgcaggccccccccccccgttgatgtagcttaacccaaagcaaggcactgaaaatgcctagatgagtctcccaactccataaacacataggtttggtcccagccttcctgttaactcttaataaacttacacatgcaagcatctacaccccagtgagaatgccctctaggttattaaaactaagaggagctggcatcaagcacacaccctgtagctcacgacgccttgcttaaccacaccccacgggaaacagcagtgacaaaaattaagccataaacgaaagtttgactaagttatattaattagggttggtaaatctcgtgccagccaccgcggtcatacgattaacccaagctaacaggagtacggcgtaaaacgtgttaaagcaccataccaaatagggttaaattctaactaagctgtaaaaagccatgattaaaataaaaataaatgacgaaagtgaccctacaatagccgacgcactatagctaagacccaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaacacagataattacataaacaaaattattcgccagagtactactagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgctttatatccttctagaggagcctgttctataatcgataaaccccgataaacctcaccaattcttgctaatacagtctatataccgccatcttcagcaaaccctaaaaaggaaaaaaagtaagcgtaattatgatacataaaaacgttaggtcaaggtgtaacctatgaaatgggaagaaatgggctacattctctacaccaagagaatcaagcacgaaagttattatgaaaccaataaccaaaggaggatttagcagtaaactaagaatagagtgcttagttgaattaggccatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaaatagattcagtgcatctaaccctatttaaacgcactagctacatgagaggagacaagtcgtaacaaggtaagcatactggaaagtgtgcttggataaatcaagatatagcttaaacaaagcatccagtttacacctagaagacttcattcattatgaatatcttgaactagacctagcccaaagataccctctcgactaaacaaccaagatagaataaaacaaaacatttaatcccaatttaaagtataggagatagaaatctaagtacggcgctatagagaaagtaccgcaagggaacgatgaaagaaaaaaactaaaagtataaaaaagcaaagattaccccttgtaccttttgcataatgaattaactagtataagacttaacaaaatgaattttagctaagcagcccgaaaccagacgagctactcacaaacagtttaccaagaactaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagatttgtaagtagaggtgacatgcctaacgagcctggtgatagctggttgtccagaaaatgaatctaagttcagctttaaagataccaaaaattcaaataaaccccactgtagctttaaaagttagtctaaaaaggtacagccttttagaaacggatacaaccttgactagagagtaaaatttaacactaccatagtaggcctaaaagcagccatcaattaagaaagcgttaaagctcaacaacaaaaattaaatagattccaacaacaaatgattaactcctagccccaatactggactaatctattatagaatagaagcaataatgttaatatgagtaacaagaaaaattttctccttgcataagtctaagtcagtgcctgataatactctgaccactaacagtcaataaaaataatccaacaataaacaatttattgattatactgttaacccaacacaggagtgcatctaaggaaagattaaaagaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctccagcattcccagtattggaggcattgcctgcccagtgacaactgtttaacggccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcatttgttctctaaataaggacttgtatgaatggccgcacgagggttttactgtctcttacttccaatcagtgaaattgaccttcccgtgaagaggcgggaatgcacaaataagacgagaagaccctatggagctttaactaaccaacccaaagagaatagatttaaccattaaggaataacaacaatctccatgagttggtagtttcggttggggtgacctcggagaataaaaaatcctccgagcgattttaaagactagacccacaagtcaaatcactctatcgctcattgatccaaaaacttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctattcaagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcctgatggtgcaaccgctatcaaaggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattacgtatttctcccagtacgaaaggacaagagaaataaggccaactttaaatcaagcgccttaagacaaccaatgataacatctcaactgacaacacaaaaccctgccctagaacagggcttagttaaggtggcagagcccggtaattgcataaaacttaaacttttatatccagagattcaaatcctctccttaacaaaatgttcataattaacatcttaatactaattattcccatcctattggccgtagcattccttacgttagtggaacgaaaagttctaggctatatacaactccgaaaaggtccaaatgtcgtaggtccatatggcctacttcaacccatcgccgatgcaatcaaacttttcattaaagaaccactacgacccgctacatcttcagcctcaatatttatcctagcacctatcatagctttaggcctagccttaaccatgtgaattcccctaccaataccctatcctcttatcaacataaacctaggagtcctatttatactagccatatcaagcctagccgtatactccattctctgatcaggctgagcttccaactcaaaatacgcactaatcggagccctacgagcagtagcacaaacaatctcatacgaagtaacgctagcaattatcctgttatcagtggtcctaataagtgggtcctttaccctctccacattaattactacacaagaacaaatatggttaatcctcccagcatggcctctagcaataatatgatttatctcaacactagcagaaacaaaccgagctccatttgatttaactgaaggagaatcagagctagtctcgggcttcaacgtagaatatgcagcaggaccatttgccctcttcttcatagcagagtacgcaaatattatcataataaatatctttacagcaattttattcctaggaacatcccacaatccacacataccagaactctacacaatcaattttaccattaaatccctactgctcacaatatccttcctatgaatccgagcatcctaccctcgatttcgctatgaccaactaatacacttactatgaaaaaattttctacctctgacactagccctgtgcatgtgacacgtatccctacccatccttacatcaggcatcccaccacaaacataagaaatatgtctgacaaaagagttactttgatagagtaaataatagaggttcaaaccctcttatttctagaactataggaatcgaacctactcctaagaatccaaaactcttcgtgctcccaattacaccaaattctattagtaaggtcagctaattaagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtttatatccttcccgtactaataaacccaattatctttattattattctactaaccattatactaggaactattattgtcataatcagttctcactgactacttgtctgaatcgggtttgaaataaatatactcgccatcatccccatcataataaaaaatcacaacccacgagctacagaagcatcaactaaatattttttgactcaatcaacagcctcaatactactaataatagccgtcatcattaacgtaatattctcaggccaatgaaccgtaataaaactatttagcccaatagcctcaatacttataacgatagccctagctataaaactaggaatagccccatttcacttctgagtcccagaagtaacacagggcatccccctatcctcaggccttatcctactgacatgacaaaaactagcacctatatctgtactttaccaaatcttcccatcaattaacctaaacttaattctaaccctatcagttttatcaatcctaattggaggctgagggggactaaaccaaacacaactccgaaaaatcatagcctactcatcaatcgctcatataggctgaataacagcagtactaccatataaccccaccataacattgctaaacttaattatctatatcattataacttccaccatatttaccatatttatagccaattccaccaccactaccctgtcattatcacacacatgaaataaaacacccattataaccgtc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20	"platypus"	"Ornithorhynchus anatinus"	"gcactcgtagcttaaactcttaaagcaatacactgaaaatgtttagatgattcgtaactgaacccgagcgcataaaggtttggtcctagccttactgttagatttgattagatttatacatgcaagtatccgcaacccagtgagaataccctaaaaactcttaacaagttagaaggagtagatatcaggcacactaaagtagcccacaacatcttgccctagccacacccccacgggacacagcagtaatagaaattagtcaataaacgcaagtttgaacaagtcataatcaataagagtcggtaaatttcgtgccagccaccgcggtcatacgattgactcaacctaacaaataacggtgtaaaacgtgtttaaaaacttaaactaataagattaaagtagaactaaactgtgataagtcatagttaatactaaagccatctacgaaagtgatcttagactaattgaatacacgatagctaaggtacaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaactcaagtcgtttaataacaaaactactcaccagagaactactagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgcttcacccctctagaggagcctgttctataatcgataaaccccgatacacctcaccatcttttgccactactgtctatataccgccatcgtcagccaaccctaaaaaggaacaaaagtaggcgtaatcatttttcataaaaacgttaggtcaaggtgtagcctataagatggaagaaatgggctacattttctacattagaacatacgaaaaactctatgaaactagagtattaaggaggatttagtagtaagccaagaatagagagcttgactgaactgggcaatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaatcaagcaacacaaacattcctaaaatcccaacgcttttcaagaggagataagtcgtaacaaggtaagcataccggaaggtgtgcttggaatatcaaaatgtagcttaatccaaagcactcagcttacacctgaaagatattttacataaatcattttgagccaactctagcccaaattaatcttaatacacatataaactctaataaactaaaacattttaacgctaacccctagtataggagatagaaaaggaaattggagccttagacatagtactgtgaaggaaaaatgaaagattagcttaaagcacaaaaaagccaggatttaaccctgtaccttttgcataatggtttagctagaaaacttatatacaaagaattttaatataaaatcccgaaactagatgagctactatcgagcaatttattagaatcaacccgtctatgttgcaaaatagtgggatgactttatagtagaggtgaaaaatcaaccggacctagtgatagctggttagccaaaaaacgaatttaagttcaacaataagtttatttcctgatatactatattaaccataaacttataagttattcataagagggtcagcccttatgaataaggaaacaacctctaatagagggaaatttattcttatttacatagtaggcctaaaagcagccatcaattaaaaaagcgttaaagcttaaacttcattctttcttaatcccttaacttcttaactacccctaaaataatattggcttaatctatgtccccatagaagaaataatgctaaaataagtaaaccagaatttattctccatgcactagcttaaattagaacggagcatccactaataattaacagctaaataatcataaatattaactagaaacattattttataaactgttaacccgacacaggagtgcatctaaggaaagattaaaaggagtaaaaggaactcggcaaactaggatttcgcctgtttaccaaaaacatcgcctctagcataacaagtattagaggtcctgcctgcccagtgattctattaaacggccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcatttgtctcctaattagagactagtatgaatggctagacgaaaatccaactgtctcttactcccaatcagtgaaattgccctccccgtgcagagacggggataacaccataagacgagaagaccctgtggagctttaatcatagatttattctttttcatacagacccaaaagctcaacaccttaagaattttttcaactgattttggttggggtgacctcggagtacaacaaaacctctgaatgcatagtaataacttacaagtttaaacgcaaaactgccagtaatagacccaaattattgatcaaaggaccaagttaccccagggataacagcgcaatcctattcaagagttcatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatccaaatggtgcagccgctattaatggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctatgggtaatttctcctagtacggaaaggaccagagaaatcaggccaatcttaaaaagaagcctccaacttaacaaatgatttcatctcaatttgccacgttacccttactaatcctagaccaggaattctattaaggtgacagagaccggtaattgtgtaaaacttaagcttttatagtcagaggttcaaatcctctccttaatacctgctactgcccacagggcttaacacagcgacgttcaacataataactacatttactctgaccaagccctaaaagcttcccttaattatatttttagttaacctattaattcttattattccagtgctattagcagtcgccttccttacacttcttgaacgcaaaattctaggctatatacaattccgaaaaggacctaacattgtaggagcccatggcctccttcaacctattgcagatgctgttaaactcttcacaaaagagcccctacgacctctcacctcttcgatctacatatttattcttgccccaattctagctttatccctagccctaacaatctgaattccactccccatacctcttcccctcattgatctaaatctaggactcctcttcgtactatcagtgtctggactttccgtatactcaattctatgatcaggatgagcctcgaactctaaatatgctctaacaggagctttgcgagccgtagcccaaaccatctcatatgaagtaaccctagctatcattcttctttcaatcatattaatcaatgggtcattcaccttaactaccttaaatttaacccaagaatatatatgactaattgtaccaacctgaccattaatacttatatgatttatttcaacactagctgaaactaaccgagcaccctttgatctcacagaaggagaatctgaactagtctccggttttaacgtagaatacgcagcaggaccatttgctatgtttttcctagcagagtatgctaatattattattataaatgcccttacagtaatcctatttttcggcacttatcacttgatctttctacccgaaatatctacaacaactttcataattaaaaccatattattaacctccctattcctatgaatccgagcatcttatccacgatttcgctatgatcaactcatacacttattatgaaaaaacttcttaccaatcacactcgttacatgtctctgatacatcatactccctaccacattatcaggactgccaccacaaatataaagaaatatgtctgacaaaagagttacattgatagcgtaaattatagaggttaaaatcctcttatttctagaataataggatttaaacctacatctcaagcttcaaaaacttctgtgttctcaattacactatactctagtaaggtcagctaaataagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtttatacccttcccatactatattacacccataaccaccctaattatattattcagcctactccttggaacgacactcaccctaaccagctcccactgactactaatatgaataggacttgaagtaagcacccttgccatcatcccccttcttacttacaccaatcacccacgatccattgaatcagcaattaaatattttttaacacaagcaacagcatccatactactcatattcgcagcatcactcaatacttgaataactggacattgaactctaatacaaattgacaacacaatctcatcaggcattataacttttgccctagctatgaaattaggcctagccccatttcactattgagttcccgaagttctccaaggctcatccctcatgtcaggaataattctactaacatgacaaaaactagcaccaatctcaattatctaccaaatctcccctacccttaatatagatattttattgaccctagcaatttcatcaacactattaggaggatggaacggtctcaaccaaacccaactacgaaaagtcatagcctactcatcaattgctcacataggttgaatagtccttattattatttatttcccaacattaacaacccttaacttaactctttatattatgtcaacagtagccttattcacagtattccacaccactaatatcactaaaaccaaacccctctcccttatatgaaataaagcaccaatcataaccttagcaatcatcctcctacttttatcactaggaggactgcctccacttacaggatttgccccaaaatgattagtaatccaagaattaatcaaacatgacaacataattatagccactgtcctagctatcacggcccttctcaacttattcttctacatacgaattatctactcgtcaacactaacaacattccctactactaataacaacaaattccattgatatagtaaatcaacaaagaatcctttatctctcccaactctggtcattttatcaacaacccttttgcctcttac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aaaccagaatgatacttccttttcgcctatgctattctacgctctatccccaataaactgggaggagtcctagcccttgtcgcctcaatccttattctcattctagtaccactactccatacatcctaccaacgaggactagccttccgtccacttacccagatgctcttttgaatcctagtaacagatctattaacactaacctgaattggaggtcaaccagttgaacagccctttatcattattggtcaacttgcctcaatcctctactttctcctgatcacaacgcttattccacttacaggattattagaaaatgacctattaaaatgatagcctaagtaatttaaataaaattttggtcttgtaagccaaatttgaggatgaaacttcctcctaaggcctcagaaagagggttttgaaccctgccatcaactcccaaagctgaaattctaactaaactaccttctgtgtacttctacctaggaatggcctactccattctatgtacatcgtgcattcatcttatatccacatatattatgatgtacgtactaaatatggttaatattacatatatatatattaagcaagtacattatatgtatatagtacattaattgcatgtccgcatggatattaagaaccaatataatattaatgatgataagacattatattaaaaatcctcatatcatgattatccacatcaagtaagcctcaacgccatctttcttgtcctatgaaaatttaggtaggattacttttcttggttggcgagaaaccagcaataccctagacaaggattttctactcatggggttcggcgcagccattgaagcgtagcatatcttgctttttaagaggcctctggttccttcttcagggatatcactaagaaatcatcattaattgatctttaagtaggcattttcgaggatttgagtacacccacgaccgtgatcgcggcatagctgtcatgaagaactattggtattttttttttcctgtggttgatcacctggctcgcctcgccggcgagttgcggggattcagaatctagtataggttcccactacttctcaggacgggcacggtgagtagttcgtgatatagattaatgcttgacggacataaatatatatttccccccccttccccccccaaaaaattttttgttcacatgggaattttcacttttttttcaccttattttctatataaaaattttcaaattttgcatttcttctattttttagatcattttcatttttttttctttttctcgacaacttttcggtttgttttttcacttttttgaaaaatttttgaaaaatttttgaaaaatttgaaaaatttgaaaaatttgaaaaatttgaaaaatcagaaattgagagaaatagggaaatgtagaaatatagaaatagggaaataggcaaaatcatgctggaaaaaattttgaggaaaaaactattttgaggaaaaaactattttgaggaaaaaactattttgaggaaaaaactattttgaggaaaaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgaggataaaactattttgagaaaaaaactattttgagaaaaaaactattttgagaaaaaaactattttgagaaaaaaactattttgagaaaacaagattaattgaaaaaagagttgaaaaaaaaaattttttgaaaaaagaatttttttgagaaacttccttttttcttttttcctgttatttttcgttttttatcgaggtttttcgctttttttttttttttttcaggttttttttgccttttcaccttatatgtcatataatctgggacccccccccccctcttgggttcgtcctaatagatgatgcactctgaatttttatgccccttt"

17.7 s

Calculating pairwise distances

The Normalized Compressor Distance uses a loseless string compressor - changing the compressor should have an influence on the quality of the result.

For comparison we also use the Levenshtein Distance which is provided by StringDistances.jl. Calculating this istance might need a few minutes.

20.0 μs

Tip

When viewing the static html version of this notebook it might not be possible to choose another distance - try running the interactive notebook instead.

34.3 μs

105 ms

distance

NormalizedCompressionDistance{CodecCompressor{XzCompressor}}compressorCodecCompressor{XzCompressor}kwargsPairs

:level

:check

716 ms

We can now compare the distance between some animals. One would expect that rats and mice are much closer than either of them to seals.

8.9 μs

DataFrameRow (3 columns)

	name	latin_name	DNA
	String	String	String
1	rat	Rattus 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grypus	actaatgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtatcttttaaatttttaggggggaaagcggtatcactcagctatgaccgtaaaggtctcgacgcagtcaaataacttgtagctggacttaattaatatcatttaccaacatcatacaaccatgaggcgcattttagtcaatggtagcgggacatagttacgttacgtacacgtacacacacgcgcacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacacacgcgcacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacacacgcgcacgcacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacgtacacaataagtacatatacgttacgttaaatagatacaaagttagctagaacaaaccccccttaccccccgttaactccaacgagcatacaatgcacctactattgctctgccaaaccccaaaaacagagctagatgcatataacacacaactgaagccagtacatctaaacttagtaaaaccaaccaacctaagtaacagattactaaaacacgggcataatactttaattttgaatctatctatagatgaacgtttttcatctctaatacccccctattgacttattgaccccataccaacagaaacaagccacacgccactggttaatgtagcttaataaaccaaagcaaggcactgaaaatgcctagatgagccataaggctccataaacacaaaggtttggtcctggccttcctattagtttttaataagattatacatgcaagcctccgcgccccggtgaaaatgccctcaaatcccaacaaccgatcaaaaggagcgggtatcaagcacactaaacaagtagcttacaacgccttgctcaaccacacccccacgggatacagcagtaataaaaattaagctatgaacgaaagttcgactaagctatattaaacctccagggttggtaaatttcgtgccagctaccgcggtcatacgattaacccaaactaataggccctcggcgtaaagcgtgttaaagatcaacccacactaaagctaaaacctaaccaagccgtaaaaagctaccgttaacataaaataaactacgaaagtgactttactaactctgacagcacgatagctaagacccaaactgggattagataccccactatgcttagccctaaacataaataattcacgtaacaaaattattcgccagagaactactagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgcttcacacccctctagaggagcctgttctgtaaccgataaaccccgataaacctcaccactccttgctaatacagtctatataccgccatcttcagcaaacccttaaaaggaacaaaagtaagcacaataatcgctacataaaaaagttaggtcaaggtgtaacctatggagtgggaagaaatgggctacattttctaaataagaacaactatacgaaagtttttatgaaactaacaaactaaaggtggatttagtagtaagctaagaatagagagcttagctgaaccgggccatgaagcacgcacacaccgcccgtcaccctcctcaaataaacactacaagctacataaaaccaacacaaaacatatagaggagataagtcgtaacaaggtaagcatactggaaagtgtgcttgggtaaatcaaagtgtagcttaaacaaagcgtctggcttacacccagaagatttcacacccagtgaccactttgaaccaaagctagcccaaataacaaacaactaaactacaaagcaaacatcaaacaaaacatttagtcatacattaaagtataggagatagaaatttttaaccaggagctatagagacagtaccagcaagggaaagatgaaagagaattcaaagtaaaaaatagcaaagattaccccttctaccttttgcataatgaattagctagaacaacttaacaaagagaacttaagctaagccccccgaaaccagacgagctacctgcgaacaatcccctgggatgaactcatctatgtggcaaaatagtgagaagattcgcaggtagaggtgaaaagcctaacgagcctggtgatagctggttacccagaatagaatttcagttcaactttaaacttacctaaaacccaagaattttaatgtaagcttaaaatatagtctaaaaaggtacagctttttagatcaaggatacaaccttacttagagagtaaacacaaattagaccatagtaggcctaaaagcagccatcaattaagaaagcgttaaagctcaacaattcaatcaacataataccaaaagaactcaaacaactcctaacgtacatctgggtcaatctattcaattatagttgagacaatgctaatatgagtaacaagaaaccttttctccttgcataaacttataaccgaaatggatatccactgatagttaacaacaagataaaactaaccaaccaattaattatacctatcaaactaattgttaagccaacacaggaatgcaaccaaggaaagattaaaagaagtaaaaggaactcggcaaacacaaaccccgcctgtttaccaaaaacatcacctccagcattactagtattggaggcactgcctgcccagtgacataagttaaacaaccgcggtatcctgaccgtgcaaaggtagcataatcatttgttctataaataaggacttgtatgaacggccacacgagggtttaactgtctcttacttccaatcagtgaaattgaccttcccgtgaagaggcgggaatagaataataagacgagaagaccctatggagctttaattaactaactcaacagaacaaatccagtcaaccaacagggaataaaaatttctataatgagttagcaatttaggttggggtgacctcggagaacaaaacaacctccgagtgatataaactaagacaaaccagtcaaagtgccgcatcattaattgatccaaaaatttttttgatcaacggaacaagttaccctagggataacagcgcaatcctattcgagagtccatatcgacaatagggtttacgacctcgatgttggatcaggacatcctaatggtgcagcagctattaagggttcgtttgttcaacgattaaagtcctacgtgatctgagttcagaccggagtaatccaggtcggtttctatctattaaccagttcctcccagtacgaaaggacaagagaaacaaggcccacctcaacacaggcgccttaagactaatagatgatataatcttaatctagccagtctaatcccccatgaatccaagaaacaggacctgttagggtggcagagccggcaattgcataaaacttaaacctttatcttcagaggttcaactcctctccctaacactatgtttataattaatatcatctcactaattatcccaattctcctcgccgtagctttcctaacattagtagaacggaaagtactaggctacatacaactccgaaaaggacccaacatcgtaggaccctatggactcctacaacccatcgcagacgccgtaaaactattcaccaaggaacccctacgaccactaacatcttccacaaccatattcattatagcccctattctagccttaaccttagccctaactatgtgagtccccctgcccataccatatcccctcatcaacataaacctaggagtgttattcatactagcaatatcaagcctagctgtctactcaatcctatgatccggatgggcctcaaactcaaaatacgccctaatcggagccctacgagccgtagcccaaacaatttcatacgaagtgaccctagccattatccttctatcagtcctactaataaacggatccttcaccctatccacactaatcattactcaagaacacttatgactaatctttcccgcatgaccactagccataatatgatttatctccaccctagcagaaaccaaccgcgccccatttgatctcacagaaggagaatcagaacttgtctcaggatttaacgtagaatacgcagcaggcccattcgctatattcttcttagcagaatacgctaacatcatcatgataaacatcttcacaaccctcttattcttcggagcatttcacaacccatacatacctgaactatatgtcgtcaactttaccgtaaaaaccctggcactaacaattctattcctatgaatccgggcatcatacccgcgattccgatacgaccaactaatacatcttctatgaaaaaacttcctaccccttacactagccctatgtatatgacatgtaaccctacccatcatctcagcaagcattccccctcaaacataagaaatatgtctgacaaaagagttactttgatagagtaaataatagaggtttaaaccctcttatttctagaacaataggaatcgaacctaatcctaagaattcaaaaatctccgtgctacccaaatacaccatattctagagtaaggtcagctaaataagctatcgggcccataccccgaaaatgttggtttattcccttcccgtactaataaaaccccctattctcattatcattatatcaaccgttatatcagggaccataatcgtcctcacgagctcccattggctgctgatctgaattggctttgaaataaacatgctagcgattatcccaatcctgataaaaaaccacaccccacgagctacagaagcatccacaaaat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2.6 μs

0.5272572402044293

198 ms

0.7635756056808688

55.4 ms

We can now calulate all pairwise distances and visualize the matrix. As close animal groups are already next to each other in the input list, we can immediately spot some clusters.

10.1 μs

distance_matrix

20×20 Matrix{Float64}:
 0.0       0.527257  0.763576  0.755204  …  0.781145  0.81841   0.790602  0.831947
 0.519591  0.0       0.773601  0.753539     0.813131  0.769874  0.763397  0.831115
 0.756892  0.751044  0.0       0.152373     0.795322  0.827068  0.800495  0.801997
 0.736053  0.742714  0.154038  0.0          0.79184   0.814321  0.795548  0.81614
 0.730514  0.75539   0.58126   0.543947     0.810116  0.801824  0.784831  0.811774
 0.747899  0.766387  0.596491  0.591174  …  0.785714  0.839331  0.801319  0.844426
 0.759026  0.753988  0.612364  0.606994     0.792611  0.814226  0.801319  0.839434
 ⋮                                       ⋱                                
 0.803512  0.823579  0.781955  0.770192     0.456522  0.872074  0.86892   0.862729
 0.813187  0.825021  0.805347  0.791007  …  0.243266  0.876151  0.873866  0.895175
 0.808081  0.826599  0.805347  0.791007     0.0       0.876151  0.8615    0.895175
 0.809205  0.801674  0.827068  0.834305     0.888703  0.0       0.666117  0.824459
 0.793075  0.797197  0.798021  0.795548     0.865622  0.661171  0.0       0.796373
 0.836938  0.838602  0.838602  0.834443     0.889351  0.834443  0.821929  0.0

20.4 s

23.2 s

Creating a phylogenetic tree

Finally, we can pass the distance matrix to the nj! function from PhyloNetworks.jl to create a phylogenetic tree and then plot this tree using PhyloPlots.jl.

18.0 μs

5.9 s

References

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15.3 μs